投降后的祖大寿向皇太极建言：自己妻儿女均在锦州城里，趁锦州不知自己已经投降，愿带一支兵去锦州，在城里当内应，夺取锦州城。皇太极同意放祖大寿去锦州城。

1631年（崇祯四年）农历十月初七，皇太极再次致书祖大寿，又派降将姜新赴城中面谈。祖大寿派一位叫韩栋的将领到金营中谈判。农历十月二十五日，祖大寿最后下了决心，他邀后金将领石廷城商议降金事宜，当晚祖可法、祖泽、刘天禄、张存仁等四人随石廷一同到了金兵大营，皇太极亲自迎接，四人跪倒便拜。皇太极急忙上前一步搀扶，以女真人最贵的礼节抱腰礼相见。然后设盛宴款待，四人被请至座中。

明军几路救兵四次援救，都被后金军击败。祖大寿的多次突围也没有成功。大凌河城被围了三个月，城内的粮吃完了就杀吃，吃没了，就杀人相。大凌河城百姓被充作军粮杀尽。

崇祯皇帝三次下诏，命祖大寿京觐见，祖大寿都借故推辞，始终守在锦州城里。

皇太极在围困大凌河城十天后，便开始了对祖大寿的劝降工作。但祖大寿不为所动，对皇太极本不予理采。

后金方面，皇太极三番五次派密使前来，提醒祖大寿不要忘记以前的约定，即刻动手夺下锦州城。祖大寿以各理由搪，并且多次与清兵激战。皇太极对留在后金军营中的祖大寿之祖可法等人，一直以礼相待，并且频繁给祖大寿写信。

祖大寿在中后所（今辽宁绥中县城）屯兵，领兵偷袭多铎，多铎战败。第二天，多铎与济尔哈朗合兵战，祖大寿收兵回中后所。不久，皇太极亲自

皇太极为了一步消耗城中的有生力量，搞了一次假增援，祖大寿盼望援军心切，急忙率军城相迎，前后夹攻，实现突围，结果上了大当，被杀得大败，损失十分惨重，祖大寿再也不敢城应战。

1631年（崇祯四年）农历七月，祖大寿奉命于大凌河筑城保卫锦州，在他修了不到半个月，城墙雉堞还没修完时，皇太极大军便兵临城下，将大凌河城包围。祖大寿只好关闭城门，仓促应战。

皇太极于1631年（崇祯四年）农历十月七日和十月九日这两天先后致书祖大寿、何可纲、副将张存仁，劝其速降。但仍遭到祖大寿的拒绝。

城中粮草仅够几天之用，围了不几天城中就断粮了。城中将士无不惊恐万状，祖大寿作过几次试探的突围，都被金兵杀了回去。无奈之下，只好坐困愁城，盼着援兵。

于是皇太极又亲自写信给祖大寿，他解释说：“过去杀辽民确有其事，我为懊悔，我们早就不那样了。至于永平屠城那是二贝勒阿所为，他因此也受到了严惩，希望你不要存此偏见。但祖大寿等还是不信。

祖大寿一回到锦州城就组织防御，抗击清军。辽东巡抚丘禾嘉向朝廷参奏祖大寿率队献城投降，崇祯皇帝不仅没有降罪，反而提升祖大寿为左都督，领锦州。

1631年（崇祯四年）农历十月二十八日，祖大寿杀死宁死不降的何可纲，大开城门，率众将来到金营。皇太极与代善、莽古尔泰及众贝勒众大臣，一齐隆重迎接祖大寿一行。后双方登坛发誓祭天，盟誓祭天毕，皇太极携祖大寿手大帐，为祖大寿设宴庆贺。

1638年（明崇祯十一年，清崇德三年）农历十月，皇太极亲自率领队攻明朝，率领郑亲王济尔哈朗、豫亲王多铎宁远、锦州大；睿亲王多尔衮为左翼，自青山关；贝勒岳讬为右翼，自墙岭。

守。但祖大寿从不只离开军营，生怕叫东厂的特务抓了去。